(TIL 2021.12.02) 중소기업의 결손금 소급공제 관련

1. 개요

조세특례제한법 제6조 제1항의 따른 중소기업으로서,

당기의 결손금에 상당하는 세액을 당기 이전 사업연도에 납부한 세액에서 환급하여 주는 제도임.

 

다만, 중소기업 중 직전사업연도의 소득 대하여 과세된 법인세액이 있어야 하고, 당해 사업연도에 결손금이 발생했어야 함.

또한 직전사업연도와 결손금이 발생한 당해 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 신고기한 내에 신고하였거나 신고하여야 하며,

결손금이 발생한 당해 사업연도의 법인세 신고기한 내에 납세지 관할세무서장에게 환급신청을 하여야 함. 만약 환급신청을 하지 아니하는 경우에는 당해 결손금은 당연히 이월공제되는 것이며, 경정청구에 의하여 환급을 적용받을 수는 없음(*).

(*) 결손금 소급공제는 선택사항이기 때문에, 정기신고때 반영되지 않으면 향후 경정청구로 적용이 불가능함

 

특히 해당 규정은 2021년 7월 22일 발표된 세법개정안에 따르면,

과거 1개년치 소득이 아닌 과거 2개년치에 납부한 세금에 대하여 환급을 청구할 수 있도록 개정될 예정이므로,

2019년까지는 사업이 잘 되다가,

코로나로 20, 21년에 큰 타격을 받은 중소기업이라면, 반드시 알아두고 넘어가야할 규정으로서 의미가 있다고 할 것임.

현 행	개 정 안
□ 중소기업 결손금 소급공제(소득세법 §85의2, 법인세법 §72) ㅇ 결손금을 직전 과세연도 과세표준에서 소급공제하여 직전 과세연도에 납부한 소득세･법인세 환급 <신 설>	□ 중소기업 결손금 소급공제 허용기간 한시 확대 ㅇ ‘21년 발생한 결손금 소급공제기간을 직전 2년(직전 과세연도 및직전전 과세연도)으로 확대 - 결손금 소급공제 순서:직전전 과세연도의 납부세액(소득세･법인세)에서 먼저 공제

<개정이유> 중소기업 유동성 지원

<적용시기> ’21.12.31.이 속하는 과세연도에 한하여 적용

 

2. 관련 주요 판례

조심2008부2198, 2008.09.04 [제목] 종합소득세 신고시 결손금소급공제환급신청서를 미제출하였으며, 국세기본법에 의한 경정청구는 결손금소급공제에 의한 환급에는 적용되지 아니함 【주문】 심판청구를 기각합니다. 【이유】 1. 처분개요 청구인은 2004.9.14.부터 2007.6.8.까지 OOOOO OOO OOO O 30번지에서 ‘OOO’이라는 상호로 전자부품 도소매업을 영위한 사업자로서 2006.5.31. 2005년 귀속 종합소득 과세표준확정신고시 소득금액을 결손금 545,374원으로 하여 신고하였고, 2007.5.31. 2006년 귀속 종합소득 과세표준확정신고시 소득금액을 역시 결손금 9,847,502원으로 하여 신고하였다. 처분청은 청구인이 OOOOOOOOO으로부터 2005.8.10. 37,500,000원과 2005.12.16. 37,500,000원의 국고보조금(이하 “쟁점국고보조금”이라 한다)을 수령하였으나, 쟁점국고보조금을 2006년 귀속 총수입금액에 산입하여 종합소득 과세표준확정신고한 사실을 확인하고, 쟁점국고보조금을 2006년 귀속 총수입금액에 불산입하는 대신 2005년 귀속 총수입금액에 산입하여 2007.5.14. 청구인에게 2005년 귀속 종합소득세 18,798,900원을 경정고지하였다. 청구인은 2007.9.28. 2006년 귀속 이월결손금 75,000,000원을 2005년 귀속의 결손금으로 소급하여 공제하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2007.12.5. 청구인의 경정청구가 국세기본법 제45조의2에서 규정하는 적법한 경정청구에 해당하지 아니하는 것으로 보아 당해 경정청구를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.2.28. 이의신청을 거쳐 2008.6.11 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 청구인이 2005년 및 2006년 귀속 종합소득 과세표준확정신고 당시 각 과세연도에 결손금이 발생하여 결손금소급공제환급신청을 할 수 없었으나, 처분청이 2005년 귀속 과세표준 및 세액을 경정함에 따라 2006년 귀속 소득금액이 감소하게 되어 이 건은 국세기본법 제45조의2에서 규정하는 후발적 사유에 의한 경정청구대상에 해당하는 만큼, 처분청이 2006년 귀속 결손금을 2005년 귀속 결손금으로 소급하여 공제하여 달라는 내용의 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 소득세법 제85조의2에서 규정하는 결손금소급공제세액의 환급을 받기 위해서는 환급받고자 하는 과세연도의 종합소득 과세표준확정신고기한 내에 당해 결손금소급공제세액의 환급신청서를 제출하여야 하나, 청구인은 2006년 귀속 종합소득 과세표준확정신고기한까지 결손금소급공제세액의 환급신청서를 제출하지 아니하여 이 건 결손금소급공제세액의 환급은 국세기본법 제45조의2에서 규정하는 경정청구대상이 아닌 만큼, 처분청이 2006년 귀속인 결손금을 2005년 귀속의 결손금으로 소급하여 공제하여 달라는 내용의 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 종합소득 과세표준확정신고시 직전연도 소득금액이 결손에 해당하여 결손금소급공제환급신청을 하지 못하였으나 처분청의 경정으로 직전연도 소득금액이 발생한 경우 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구)에 따라 결손금소급공제환급신청이 가능한지 여부 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 2006.5.31. 2005년 귀속 종합소득 과세표준확정신고시 소득금액을 결손금 545,374원으로 하여 신고하였고, 2007.5.31. 2006년 귀속 종합소득 과세표준확정신고시 소득금액을 결손금 9,847,502원으로 하여 신고한 사실이 종합소득 과세표준확정신고서 등 심리자료에 의하여 확인된다. (2) 청구인은 OOOOOOOOO으로부터 수령한 쟁점국고보조금을 2006년 귀속 총수입금액에 산입하여 종합소득 과세표준확정신고한 사실이 2006년도 과세표준확정신고서와 손익계산서에 나타난다. (3) 처분청은 수입시기가 2005년인 것으로 보아 쟁점국고보조금을 2006년 귀속 총수입금액에 불산입하고, 2005년 귀속 총수입금액에 산입하여 청구인에게 2005년 귀속 종합소득세 18,798,900원을 부과한 사실이 종합소득세경정결의서 등에 의하여 확인된다. (4) 청구인은 2006년 귀속 이월결손금 75,000,000원을 2005년 귀속의 결손금으로 소급하여 공제하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구인의 경정청구가 국세기본법 제45조의2에서 규정하는 적법한 경정청구에 해당하지 아니한다고 하여 경정청구를 거부한 사실이 처분청의 경정청구에 대한 회신공문에 나타난다. (5) 청구인은 처분청이 2005년 귀속 과세표준 및 세액을 경정함에 따라 2006년 귀속 소득금액이 감소하게 되어 이 건은 국세기본법 제45조의2에서 규정하는 후발적 사유에 의한 경정청구대상에 해당하는 만큼, 처분청이 2006년 귀속 결손금을 2005년 귀속 결손금으로 소급하여 공제하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.  (가) 소득세법 제85조의2 제2항에서 규정하는 결손금소급공제세액의 환급을 받고자 하는 자는 제70조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고기한내에 납세지 관할세무서장에게 결손금소급공제환급신청서를 제출한 경우에 결손금소급공제를 적용받을 수 있는 것이다(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O)O  (나) 결손금소급공제에 의한 환급은 중소기업을 대상으로 특별히 조세정책적 목적에서 인정된 제도로서, 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대해 직전사업연도에 부과된 세액을 한도로 환급을 구할 수 있는 것을 내용으로 하고 있으며, 국세의 과세표준 및 세액의 경정을 구하는 것은 아니므로 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 구하는 것을 내용으로 하고 있는 국세기본법 제45조의2의 경정청구 규정은 결손금소급공제에 의한 환급에는 적용되지 아니하는 것이다(OOO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O)O  (다) 살피건대, 청구인은 2005년 귀속 종합소득 과세표준확정신고를 함에 있어서 실지 소득금액이 74,454,626원임에도 결손금 545,374원으로 신고하였고, 2006년 귀속 종합소득 과세표준확정신고기한인 2007.5.31까지 결손금소급공제환급신청서를 제출하지도 아니하였으며, 국세기본법 제45조의2의 경정청구규정은 결손금소급공제에 의한 환급에는 이를 적용되지 아니하는 것인 만큼, 2006년 귀속 결손금을 2005년 귀속 결손금으로 소급하여 공제하여 달라는 청구인의 경정청구를받아들이기는 어렵다. (6) 따라서, 처분청이 결손금을 소급공제하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

3. 관련법령

법인세법 제72조 【중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급】  ① 중소기업에 해당하는 내국법인은 각 사업연도에 결손금이 발생한 경우 대통령령으로 정하는 직전 사업연도의 법인세액(이하 이 조에서 “직전 사업연도의 법인세액”이라 한다)을 한도로 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 환급 신청할 수 있다. (2018. 12. 24. 개정) 1. 직전 사업연도의 법인세 산출세액(제55조의 2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액은 제외한다) (2018. 12. 24. 개정) 2. 직전 사업연도의 과세표준에서 소급공제를 받으려는 해당 사업연도의 결손금 상당액을 차감한 금액에 직전 사업연도의 제55조 제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액 (2018. 12. 24. 개정) ② 제1항에 따라 법인세액을 환급받으려는 내국법인은 제60조에 따른 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신청하여야 한다. (2010. 12. 30. 개정)